تم إنشاء قسم كيمياء مبيدات الآفات نتيجة لجهود المرحوم الأستاذ الدكتور/ شفيق على الخشن والذى تولى رئاسته من سنة 1942 إلى 1954م. ثم أنضم القسم مع قسم الحشرات الأقتصادية تحت مسمى وقاية النبات فى الفترة من 1954 إلى 1993م وأنفصل بعد هذا التاريخ إلى قسمين مرة أخرى. ويعتبر قسم كيمياء مبيدات الآفات بكلية الزراعة (الشاطبى) - جامعة الإسكندرية واحد من أكبر الأقسام بالكلية حيث يتكون الهيكل الوظيفى له من أكثر من ستون عضو هيئة تدريس ووظائف معاونة.
أربعة و عشرون طالب فى مرحلة البكالوريوس وما يقرب من خمسون طالباً فى مرحلة الدراسات العليا. كما يقوم القسم بتدريس اثنا عشر مقرراً للكيمياء وأربعة وعشرون مقرراً للمبيدات وكيمياء المبيدات.
و تشمل مجالات التخصص التعليمية والبحثية لأعضاء هيئة التدريس بالقسم علوم الكيمياء الطبيعية و العضوية و التحليلية ، كيمياء المبيدات ، سمية المبيدات، تجهيز المبيدات، تحليل المبيدات، تخليق المركبات النشطة حيوياً وطرق التعرف عليها، البحث عن بدائل للمبيدات ضمن برامج المكافحة المتكاملة للآفات الحشرية و الحشائشية و الفطرية وغيرها.
- للقسم جمعية لمكافحة الآفات وحماية البيئة مسجلة سنة 1977م.
- للقسم وحدة ذات طابع خاص لمكافحة الآفات وحماية البيئة.
- يوجد عدد من المشاريع البحثية الممولة من جهات عالمية ومحلية.
2- رؤساء القسم السابقون:
المرحوم أ. د./ شفيق على الخشن (1942 - 1954م)
المرحوم أ. د./ محمود إبراهيم زيد (1954 - 1970م)
المرحوم أ. د./ احمد سيد النواوى (1970 - 1972م)
أ. د./ عبد الخالق حامد السباعى (1972 - 1978م)
أ. د./ عبد الرحمن سيد دنيا (1978 1981م)
أ. د./ محمد عباس عبد اللطيف (1981 - 1987م) أ. د./ مقبل مصطفى طهطاوى (1987 - 1990م)
أ. د./ نبيلة محمد سعيد بكرى (1990 - 1993م)
أ. د./ عزت أمين قادوس (1993 - 1996م)
أ. د./ نبيل أحمد منصور (1996 - 1998م)
أ. د./ محمد على سليمان خليفة (1998 - 1999م)
أ. د./ عبد السلام محمد المرعى (1999 - 2000م)
أ. د./ فتحية إسماعيل مصطفى (2000 - 2001م)